自2009/6/15起，購買「小三通套票」的旅客，在台灣的機場辦理 10 公斤內出境行李免費托運，行李可直掛到廈門的東渡碼頭 / 五通碼頭，及泉州石井碼頭，「單向」減少旅客前往廈門、泉州的行李運送不便。預期在今年下半年，「反向」的行李掛可望獲得落實。

目前有了直航的班機，為何還選擇取道小三通？理由有三：一 . 選擇性高，有立榮、華信、復興等三家航空公司每天提供超過 20 個航班，搭配金廈、泉州的船公司每日的 12 個航班，交通頻率高。二 . 對台灣旅客更方便、省時，如嘉義、台南的旅客，可由當地的機場出發，不必再前往台中機場或高雄小港機場。三 . 費用較低，除了機票加船票的價格低於直航班機外，兵險與燃料稅等費用也較直航班機省千餘元。

目前在廈門東渡碼頭，提供出關前旅客可將行李「直掛」，到金門水頭碼頭下船處領取行李。實際上，在東渡碼頭將旅客「直掛」到金門水頭碼頭的行李，是完全沒有登記，下船後取行李也不需任何憑證，以操作來說，是有相當風險的。不過，金廈兩邊「分段」、「試辦」行李直掛的服務，也將隨著廈門贈送價值 150 萬人民幣的浮動碼頭，深度地服務兩岸的旅客。

在附加費用部分，金門收取 100 元清潔費，廈門部分則收取 30 元人民幣（29 元為旅客綜合服務費，1 元為旅客意外保險費）。